En el siglo X San Genadio fundó un oratorio dedicado a Santo Tomás (la zona es conocida por los lugareños como Santo Tomé) del que a día de hoy no queda resto alguno (hay constancia de que en el siglo XVII existían restos). En principio, en este lugar y no en Santiago de Peñalba, donde se encontraba un monasterio fundado alrededor de 916 por San Genadio, es donde su discípulo, San Fortís, pensaba construir la iglesia mozárabe pero terminó construyéndose en su ubicación actual por el abad Salomón, probablemente debido a la muerte de San Fortís en 930, y descansando los restos de San Genadio en su interior, a sus pies.
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